O maior desafio na fase atual de desenvolvimento da aquaponia no Brasil é assegurar que essa atividade venha contribuir diretamente para a produção intensiva de alimentos em áreas rurais e peri-urbanas (ganhos de produção e produtividade), para o desenvolvimento e validação de sistemas fechados e integrados, garantindo o uso múltiplo e racional dos recursos hídricos, a maximização no aproveitamento dos nutrientes e a consequente redução na geração de efluentes (ganhos ambientais), além de proporcionar mais oportunidades de emprego e renda (ganhos sociais e econômicos).